Seit Mitte 1931 hatte die SS systematisch Informationen über Freimaurerlogen gesammelt. Ab dieser Zeit eskalierten auch die verbalen und tätlichen Angriffe nationalsozialistischer Kreise gegen Logen und ihre Mitglieder. Sie mündeten am 6.3.1933 in der gewaltsamen Erstürmung des Logenheims in Düsseldorf: Mit gezogener Pistole erzwangen sich SA Leute den Zugang und stahlen Logenakten.
Die Brüder der Loge Baldur befürchteten aufgrund dieser Ereignisse die Zwangsauflösung und die Beschlagnahmung des Logeneigentums. Um dem zuvor zu kommen, vollzogen sie schweren Herzens bei ihrer letzten Arbeit am 26.4.1933 - wie fast alle humaniären Logen - die Selbstauflösung.
Sie hatten Recht: 1935 wurden auch alle anderen Logen aufgelöst. 1937 funktionierte die NSDAP das Logenhaus in der Herrenstr. 9 in Hannover zu einem sogenannten Freimaurermuseum um. In Form einer Propagandaausstellung mit Ritualgegenständen und aufhetzenden "Informtionen über das wahre Wesen der Freimaurerei" versuchten die Nationalsozialisten die Bevölkerung gegen den Bund zu beeinflussen.
Leider entgingen trotz der Selbstauflösung der Loge Baldur einige ihrer Brüder nicht der Verfolgung:
Der Rechtsanwalt und Notar Bruder Dr. Alexander-Katz wurde zuerst aus seinem Berufsverband ausgeschlossen und dann, obwohl im 1. Weltkrieg ausgezeichnet und schwerkriegsbeschädigt, ins Konzentrationslager Lahde bei Minden verschleppt. Er ist dort umgekommen.
Den letzten Stuhlmeister vor der Selbstauflösung, Bruder Grohnert, hatte man nach einer nächtlichen Hausdurchsuchung mehrere Monate im Konzentrationslager Liebenau/Weser inhaftiert.
Bruder Wilhelm Mathaei schied nach der Verfolgung durch die Gestapo freiwillig aus dem Leben.
Aber die Bruderkette der Baldurianer riß trotz der Verfolgung nicht ab: Man traf sich als Stammtisch getarnt, wenn auch unter Beobachtung der Gestapo. Durch das unermüdliche Bemühen des Bruders Andreas Haselbacher konnte nach dem Ende des 2. Weltkriegs und nach Überprüfung durch den British-Public-Safety-Service am 8.5.1947 vom Oberstadtdirektor der Stadt Hannover die Erlaubnis zur Reaktivierung der Freimaurerloge Baldur erreicht werden.